Schaefer war von 1985 bis zu seinem Ruhestand 2007 bei der ARO für die Fortbildung von Religionslehrerinnen und -lehrern zuständig. Die ARO mit Sitz in Aurich wird von der Evangelisch-lutherischen Kirche Hannovers zusammen mit der Evangelisch-reformierten Kirche getragen. Von 1985 bis 1999 war Schaefer neben seiner Tätigkeit als Studienleiter als Schulpfarrer in Emden tätig.
Der gebürtige Bielefelder studierte evangelische Theologie in Wuppertal, Heidelberg, Tübingen und Bonn und ging 1968 als Vikar nach Gildehaus (Grafschaft Bentheim). Ein halbes Jahr später kam er nach Ostfriesland und wurde Vikar in Loppersum, wo er auch 1971 zum Pastor der Gemeinde gewählt wurde.
Reinhild Gedenk, Pastorin für Bildungsfragen im evangelisch-reformierten Landeskirchenamt in Leer, würdigte den Verstorbenen: „Friedrich-August Schaefer ist nie müde geworden zu betonen, dass Bildung ein Menschenrecht ist und als solche die Voraussetzung für Freiheit, Gerechtigkeit und Frieden. Mit Besonnenheit und Kreativität hat er Generationen von Lehrkräften sowie Pfarrerinnen und Pfarrer begleitet. Dabei vermittelte er das Bewusstsein, dass Lehrende und Lernende gleichermaßen voneinander lernen. Schaefer hat die religionspädagogische Bildungslandschaft in Ostfriesland und in der reformierten Kirche geprägt.“